改变肠道菌群有两种途径，即添加益生菌或益生元。益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡，但影响的方式完全不同。益生元（Prebiotics）与益生菌（Probiotics）虽然只有一字之差，其实他们有本质上的区别：益生元作用于本已存在于肠内的菌群，而益生菌是外部添加的细菌。除了这点区别，还应该注意以下几点：
1、成分上的不同
益生菌是有生物活性的细菌，益生元主要是无生物活性的糖类物质。
益生菌即有益菌，简单来讲，益生菌是指对人和动物有益的细菌，以双歧杆菌为代表。益生菌通过调理肠道菌群，维持肠道菌群的平衡，从而促进营养物质的吸收、提高免疫力、预防和治疗便秘及腹泻、降低血脂、抑制肠道病源和腐败微生物的生长，分解致癌物质等。人和动物体内有益的细菌或真菌主要有：双歧杆菌、乳酸菌、酪酸梭菌、嗜酸乳杆菌、酵母菌等。
益生元主要是不能被宿主消化吸收的低聚糖类。通俗来讲，益生元是不能直接被宿主消化吸收，而是维持益生菌的“养料”， 促进益生菌的生长繁殖，或者说是益生菌的专享食物。益生元能够被肠道内有益细菌分解吸收，促进有益细菌的生长繁殖。例如，异麦芽低聚糖，就是一种能够促进肠道内双歧杆菌等肠道益生菌生长的优质益生元。
2、作用方式不同
益生元是促进肠道有益菌的生长从而发挥间接作用，益生菌是直接作用。
益生元主要是低聚糖，是以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低PH值，促进双歧杆菌等益生菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。
益生菌是外源细菌，作用更直接。但是，它有较明显的针对性，即针对不同的病因及体质，添加不同的菌种，如双歧杆菌对胃肠道疾病有显著功效等。
3、受胃酸环境的影响不同
在胃部强酸性的环境下，益生菌作为添加的外来细菌，其活性在一定程度上会受到胃酸的破坏，只有活着进入胃肠道的有益菌才能发挥功效；而益生元只是一种糖类，而不是生物，不存在存活率的问题。
4、免疫系统识别影响
免疫系统对于由外部而来的益生菌有识别的过程，当外部添加益生菌时，不同体质可能会产生不同的反应，而对于益生元来说则没有这方面的问题。如果要长期调养肠胃的话，建议选择不会产生免疫反应的益生元。
5、生产和保存工艺不同
益生菌菌株存活环境要求高，对生产和包装工艺都有很高标准要求，益生菌的载体最好是片剂、胶囊和粉末。益生菌产品必须低温冷藏保存，这样才能最大限度地保持其中活性益生菌的数量。如乳酸制品中的益生菌，一般保质期在1个月内，冷藏温度控制在2~10℃左右。而益生元的生产和保存的工艺则没有这方面的严格要求。
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